اصفهان کنونی از قدیمی‌ترین کانون‌های زندگی یهودیان در ایران است که تاریخ آن تقریباً به قرن هفتم پیش از میلاد بازمی‌گردد. نیاکان یهودیان ایرانی، هنگامی که به ناحیۀ جبال ایران رانده شدند، هیچ منطقه‌ای را شبیه‌تر از اصفهان به بیت‌المقدس نیافتند. استقرار ایشان در اصفهان به زمان کورش بزرگ یا داریوش یکم نسبت داده می‌شود. آن عده از اسرای یهودی که به سمت جنوب کلده کوچانیده شده بودند، پس از آنکه به دست هخامنشیان آزاد شدند، از طریق بصرۀ کنونی به اطراف کارون، خصوصاً شوش و بعدها استخر و پازارگاد مهاجرت کردند و سپس تا اصفهان و ناحیۀ لنجان پیش رفتند.
اصفهان از گز در شمال شرقی تا آبادی‌های پریشان و خیزان و بنه اصفهان در غرب آن و از منطقۀ زِفره در جنوب شرقی تا لنجان در جنوب غربی، یادگارهایی از یهودیان را در خود جای داده است؛ مثلاً در پیر بکران قبرستان وسیع و باستانی یهودیان اصفهان جای گرفته که قبر استرخاتون یا به قول خود کلیمی‌ها «سَرَح بت آشر» در آن است. قدیمی‌ترین سنگ‌نوشتۀ یهودیان اصفهان در ۱۳۲۳ در آنجا یافت شد. کتیبۀ این لوح به خط عبری برجسته و مشتمل بر آیاتی از تورات است؛ تاریخ آن مربوط به عصر اشکانیان بوده و به شخصی به نام داود بن یعقوب تعلق داشته است.
در عصر ساسانیان، یهودیانْ محله‌ای مختص به خود داشتند که گویا به سفارش شوشن‌دخت، ملکۀ یهودی یزدگرد یکم و مادر پیروز ساسانی بنا نهاده شده بود. ساسانیان شهرک یهودی را «جهودانک» می‌نامیدند که درعین‌حال کانون فعالیت‌های بازرگانی آنان بود. این اجتماع یهودیانْ تابع رأس‌الجالوت در بین‌النهرین بودند. در عصر شاپور دوم، یهودیه گسترش یافت و پیش از سال‌های ۳۶۴ یا ۳۶۵ م گروهی از یهودیان ساکن در ارمنستان به اصفهان منتقل شدند. همچنین به روایتی، مسجد جامع عتیق که طی ادوار طولانی محل درس و بحث اجتماع مسلمانان اصفهان بوده، مدت‌ها قبل آتشکده و پس از آن در زمان ساسانیان کنیسه بوده و خانه‌های یهودیان در اطراف آن قرار داشته؛ سپس در دوره‌های بعد، به مسجد تغییر کاربری داده و خانه‌های یهودیان به آن پیوست شده است.
حدود سال ۲۳ ه.ق با حملۀ اعراب به ایران، یهودیه نیز همچون جی تسلیم اعراب شد. برای یهودیان اصفهان، جز در ابتدای خلافت عمر و مواردی طی حکومت عباسیان، محدودیتی ایجاد نشد. در آن دوره، بین دو محلۀ مسلمان‌نشین شهرستان (جی) و یهودی‌نشین یهودیه دیوار کشیدند تا آنکه سه سده بعد، در زمان رکن‌الدولۀ دیلمی، هر دو محله یکی شدند و رفته‌رفته از بزرگیِ بخش جی کاسته و یهودیه بزرگ‌تر شد. در عصر سلاجقه، یهودیان اصفهان کم‌وبیش از آزادی بیشتری برخوردار بودند، ولی با پیدایش فرقۀ اسماعیلیه نهضت جدیدی علیه یهودیان آغاز شد. همچنین جالب است بدانیم ازآنجاکه تا مدت‌ها اصفهان مرکز جمعیتی یهودیان ایران بوده، نهضت‌های مردمیِ یهودی هم در آن شکل گرفته که از آن جمله می‌توان به قیام ابوعیسی اصفهانی هم‌زمان با قیام ابومسلم خراسانی اشاره کرد.
اما یکی از فاجعه‌بارترین دوران تاریخ ایران و یهودیان ایران و اصفهان حملۀ مغول است. در قصه‌های یهودیان نقل است که در روز کیپور (روزۀ بزرگ یهود) در سال ۱۳۸۷ م، تیمور سوار بر اسب از جوباره می‌گذشت. زمان نماز بوده و یهودیان جملۀ توحید را با صدای بلند می‌خواندند. همین امر موجب وحشت ناگهانی اسب‌ها می‌شود و تیمور از اسب به زمین می‌افتد و پایش لنگ می‌شود و در پی آن حکم قتل‌عام یهودیان را صادر می‌کند. این شاید فقط داستان باشد؛ اما قتل‌عام یهودیان در اصفهان در عهد مغول واقعیت دارد. در این زمان گورستان‌های یهودی چنان مملو می‌شود که کسی از جمعیت ساکنان یهودی باقی نمی‌ماند و تا چند قرن دیگر آثاری از دفن یهودی دیگری در این گورستان‌ها نیست.
عهد صفویان دوره‌ای تاریک برای یهودیان اصفهان است. از آن زمان که پایتخت به اصفهان منتقل شد، به تحریک مأموران اروپایی برای بیدار کردن نهضت ضدیهود، دربار و اذهان عمومی در کل کشور اغوا شد و کسب‌وکار یهودیان از رونق افتاد. همچنین در این عصر اخباری از تغییر دین اجباری یهودیان به اسلام نیز گزارش شده است. وقتی اوضاع بیش از پیش وخیم شد، یهودیان اصفهان به مشاغلی روی آوردند که دیگران رغبتی به آن‌ها نداشتند. بدین ترتیب، جمعیتشان رو به کاستی نهاد و اعتماد از آنان سلب شد. نقل است که در دورۀ صفویه، هنگامی که خنجر شاه گم شد، چون یک یهودی آن را خریده بود، اعتمادالدوله تصمیم به اخراج یهودیان از اصفهان گرفت؛ نزدیک کوه کلاه قاضی زمینی به آن‌ها نشان داد که نه آب داشت نه گیاه و در جوابِ اعتراض یهودیان آن‌ها را به تخت پولاد راهنمایی کرد. در محلۀ زردشتیان نیز آن‌ها را راه ندادند و در پاسخ به درخواستشان برای رفع این بلاتکلیفی، وزیر به آن‌ها گفت به جهنم بروید. یهودیان ناچار برای ادامۀ سکونت در اصفهان به پرداخت رشوه متوسل شدند. در زمان شاه‌عباس دوم، جمعیت یهودیان اصفهان که روزی دارالیهود نامیده می‌شد، براثر قتل و گرایش اجباری به اسلام و یا ترک دیار، به ۶۰۰ نفر رسید.
با به سر آمدن دورۀ صفویان و ظهور افغان‌ها، وضع از گذشته نیز وخیم‌تر شد؛ اما قیام نادر اوضاع را تا حدی بهبود بخشید. نادرشاه با یهودیان مهربان بود و کاشان را به مرکز بزرگی برای آنان تبدیل کرد. به خواست او در این دوره زبور داود به فارسی ترجمه شد.
در عهد کریم‌خان نیز شرایط کم‌وبیش با رواداری مذهبی همراه بود؛ اما با به قدرت رسیدن لطفعلی‌خان و سپس استقرار قاجاریه، ظلم و جور به مردم و مخصوصاً اقلیت‌های دینی آغاز شد و با اینکه پایتخت به تهران انتقال یافت، اصفهان همچنان کانون توجه بود و تعداد یهودیان آن براثر کشتار، مهاجرت و تغییر اجباری مذهب رو به کاستی نهاد. در زمان فتحعلی شاه، یهودیان بیش از هر دوره‌ای مورد آزار قرار گرفتند و شکنجه شدند. مسلمان شدنِ اجباری در این عصر با شدت و حدت پی گرفته شد؛ به‌عنوان مثال، در زفره هنوز قصبه‌ای وجود دارد که ساکنان آن یهودی بوده‌اند، اما در پی این سیاست، همگی مسلمان شدند و کنیسۀ آن به مسجد بدل گشت که هنوز باقی است. یهودیان اطراف کاشان نیز که بیش از هفتادهزار نفر بودند، مجبور به ترک دین شدند؛ چنان‌که هنوز هم دهات آران و بیدگل و ابیانه و… به زبان مخصوص یهودیان کاشان سخن می‌گویند. مردم اطراف خیزان پریشان و بنه اصفهان و گز را نیز از این ماجرا جدا نمی‌دانند. همچنین در این دوران است که سخت‌ترین قوانین تبعیض‌آمیز مذهبی در حق یهودیان اجرا می‌شود.
به گزارش اوژن اومن، سیاستمدار فرانسوی، در زمان اوج‌گیری انقلاب مشروطه وضعیت یهودیان چنین است: «در اصفهان شش‌هزار یهودی وجود دارند. این تعداد بزرگ‌ترین گروه اسرائیلی ساکن ایران در یک شهر واحد است. آنان در محله‌های جوباره و گلبهار و دردشت سکونت دارند و از راه دوره‌گردی و پیله‌وری و عرق‌فروشی امرار معاش می‌کنند. این افراد از فرط استیصال و گرسنگی در بدترین وضع به سر می‌برند. من در تمام عمرم کمتر این اندازه فلاکت و بدبختی دیده‌ام. محلۀ آن‌ها کثیف و مملو از گداست و خاخام‌ها نفوذ و اعتبار خود را از دست داده‌اند.»
با نیرو گرفتن نهادهای حقوقی و سیاسی یهودیان اروپایی، دولت قاجار مجبور شد شرایط یهودیان را بهبود دهد و در همین دوره است که مدارس آلیانس (اتحاد) در ایران و اصفهان تأسیس می‌شود و دختران و پسران در آن به تحصیل مشغول می‌شوند.
با روی کار آمدن پهلوی‌ها، یهودیان جوباره که پیشتر نمی‌توانستند در قسمت‌های مسلمان‌نشین شهر زندگی کنند و یا مغازه داشته باشند، دگرگونی‌های عمیقی را تجربه کردند؛ بسیاری از آن‌ها از محلۀ جوباره به میدان مجسمه و میدان نقش‌جهان و خیابان حافظ و رضا پهلوی کوچیدند. آمار تحصیل‌کردگان در میانشان افزایش یافت و به تجارت آزاد پرداختند. در این دوره از تعصبات مذهبی بین کلیمیان و مسلمانان کاسته شد و تعاملات بسیاری میان آن‌ها شکل گرفت.
پس از انقلاب اسلامی، ازآن‌رو که ماهیت این انقلاب مذهبی بود، بسیاری از اقلیت‌ها ازجمله کلیمیان به خارج از ایران کوچیدند و رفته‌رفته با ثبات شرایط و به رسمیت شناخته شدن حقوق آنان، جمعیت آنان نیز ثبات یافت. امروزه با اینکه بیشترین تعداد کنیسه‌های کلیمیان در جوباره قرار دارد، کمتر از ده خانوار کلیمی در این محله سکونت دارند و بیشتر جمعیت آنان در شعاع ۱۰ کیلومتری کنیسۀ کتر داوید در چهارراه فلسطین زندگی می‌کنند. آنان بیشتر به مشاغل آزاد در صنف پوشاک مشغول‌اند و پس از تهران و شیراز، سومین مرکز پرجمعیت کلیمیان در ایران‌اند.
تاریخ و فرهنگ یهودیان در اصفهان چنان گسترده است که تا امروز، با اینکه جمعیت ایشان چندان چشمگیر نیست، آثار هنر و فرهنگ و اخلاق آنان را می‌توان در این شهر بازشناخت. آنان چنان در تاروپود این شهر تاریخی تنیده شده‌اند که اصفهان بدون محلۀ جوباره و کنیسه‌هایش و یا صنایع‌دستی این شهر بدون فیروزه‌کوبی و جملات عبری حاشیۀ بعضی سفره‌های قلمکار و تجار موفق و معتبر یهودی چیزی کم دارد.
